Las ayudas públicas no solo se pueden combinar, sino que hacerlo inteligentemente puede multiplicar por tres o cuatro la capacidad financiera de una empresa sin aumentar la dilución ni comprometer el control.
Bien estructuradas, las ayudas públicas no solo se pueden combinar, sino que pueden multiplicar por tres o incluso por cuatro la capacidad financiera de una startup, sin aumentar la dilución ni comprometer el control de la compañía. Mal combinadas, pueden convertirse en un problema serio cuando la empresa ya está creciendo.
En este artículo te explicamos cómo combinar ayudas públicas como ENISA, CDTI y subvenciones de forma segura y estratégica, evitando errores que suelen aparecer cuando ya es demasiado tarde para corregirlos.
“Sí, pero…”: la respuesta habitual a la gran pregunta
Cuando los fundadores nos preguntan si pueden solicitar simultáneamente un ENISA, un proyecto CDTI y una línea autonómica, la respuesta siempre empieza igual: “Sí, pero…”.
España cuenta con uno de los ecosistemas de financiación pública más completos de Europa. En 2024 el CDTI proporcionó más de 2.300 millones de euros en apoyo financiero a empresas españolas y startups, incluyendo subvenciones, ayudas parcialmente reembolsables e inversión en capital riesgo, y en 2025 el presupuesto total destinado por CDTI para instrumentos de I+D+i alcanzó prácticamente 1.942 millones de euros entre subvenciones, préstamos, inversión y otros mecanismos de apoyo.
Por su parte, ENISA ha otorgado a lo largo de su actividad más de 9.000 préstamos participativos por un importe conjunto de aproximadamente 1.400 millones de euros para más de 7.500 empresas, consolidándose como un instrumento estable de financiación pública para pymes y startups innovadoras.
El problema, por tanto, no es la falta de oportunidades, sino saber navegar correctamente por ellas. La combinación es posible y estratégicamente recomendable, pero existe un entramado normativo que conviene conocer bien para no encontrarse con problemas años después, normalmente en la fase de justificación.
La regla de oro: nunca financiar el mismo gasto dos veces
El marco normativo europeo establece como principio general la prohibición de la doble financiación de un mismo coste con fondos públicos. No obstante, de acuerdo con el Reglamento General de Exención por Categorías (RGEC) de la Comisión Europea, un mismo gasto puede ser cofinanciado por distintas fuentes públicas siempre que la suma de las ayudas no supere el 100 % del coste elegible. Esto permite, por ejemplo, imputar parcialmente un mismo recurso, como el coste de personal, a diferentes ayudas, siempre que cada una cubra una parte diferenciada y debidamente justificada del gasto total.
En la práctica, esto significa que una empresa puede tener simultáneamente tres, cuatro o incluso cinco líneas de financiación pública activas, siempre que cada una financie conceptos de gasto distintos, fases diferentes del proyecto o periodos temporales claramente separados.
Ejemplo práctico
Una startup de inteligencia artificial presenta un proyecto a CDTI para financiar el desarrollo de su algoritmo, incluyendo costes de personal técnico, infraestructura de computación en la nube y adquisición de datasets. De forma paralela, solicita una ayuda Torres Quevedo para la contratación de un doctor en machine learning que no participa en el proyecto CDTI, y cuyo salario es cofinanciado parcialmente por dicha ayuda.
Adicionalmente, la empresa solicita una subvención autonómica de apoyo a la I+D para cubrir otras actividades complementarias del proyecto, como pruebas piloto o validaciones tecnológicas, imputando únicamente la parte del gasto que no ha sido ya financiada por CDTI ni por Torres Quevedo.
De este modo, cada instrumento cubre costes distintos o partes diferenciadas de un mismo coste, sin que en ningún caso la financiación pública supere el 100 % del gasto elegible. No hay duplicidad de gastos y cada euro tiene una trazabilidad clara y justificada.
En una fase posterior, la empresa solicita financiación a ENISA por importe de 300.000 euros. A diferencia de las ayudas anteriores, ENISA no financia costes concretos ni proyectos específicos, sino que aporta financiación general a la empresa para reforzar su estructura financiera, apoyar el crecimiento, cubrir necesidades de capital circulante, fortalecer el equipo comercial o impulsar el lanzamiento de proyectos piloto. Por este motivo, ENISA es compatible con el resto de instrumentos de financiación pública mencionados.
Los tres tipos de ayudas y cómo combinarlas
Préstamos blandos públicos: la pieza más flexible
Instrumentos como ENISA, ICF, IVF o ICO ofrecen préstamos en condiciones muy ventajosas: sin avales, con amplios periodos de carencia y tipos de interés por debajo de mercado.
Su principal ventaja es que, al tratarse de financiación reembolsable, no se consideran ayudas de Estado puras. Por ello, presentan muy pocas restricciones de compatibilidad.
Ayudas a la I+D+i: mayor impacto, mayor complejidad
En esta categoría se incluyen tanto subvenciones como determinados préstamos públicos y otros instrumentos de apoyo a la innovación como CDTI, Torres Quevedo, cheques innovación, fondos Next Generation EU o Horizonte Europa. Estas ayudas sí están sujetas a límites de intensidad máxima, que dependen del tamaño de la empresa y del tipo de actividad financiada.
Algunos límites clave son:
- Pequeña empresa + investigación industrial: hasta el 70 %
- Pequeña empresa + desarrollo experimental: hasta el 45 %
- Innovación en procesos: hasta el 50 %
Precisamente por este motivo, muchas incompatibilidades no aparecen en el momento de la concesión, sino uno o dos años después, durante la justificación. La forma correcta de combinarlas es asignar cada ayuda a fases secuenciales o a necesidades claramente diferenciadas.
Incentivos fiscales: el complemento perfecto
Más allá de las ayudas directas, existen incentivos fiscales y laborales que pueden tener un impacto muy relevante en la cuenta de resultados de las empresas innovadoras. Entre los más destacados se encuentran las deducciones fiscales por I+D+i (que pueden alcanzar hasta el 42 % del gasto elegible) y las bonificaciones en la Seguridad Social por personal investigador, que permiten ahorrar entre un 40 % y un 50 % de las contingencias comunes asociadas a perfiles técnicos dedicados a actividades de I+D+i.
Ahora bien, es importante tener en cuenta que ambos incentivos no siempre son acumulables. La compatibilidad entre las bonificaciones por personal investigador y las deducciones fiscales por I+D+i solo es posible cuando la empresa dispone del Sello Pyme Innovadora. En caso contrario, la empresa debe elegir cada anualidad cuál de los dos incentivos le resulta más ventajoso desde el punto de vista económico.
Ejemplo práctico: una startup con 10 ingenieros dedicados a I+D y una masa salarial anual de 600.000 € puede beneficiarse de un ahorro significativo si cuenta con el Sello Pyme Innovadora. En este escenario, podría aplicar las bonificaciones por personal investigador, reduciendo sustancialmente los costes de Seguridad Social, y simultáneamente aplicar deducciones fiscales por I+D+i por un importe relevante, incluso manteniendo de forma paralela un proyecto financiado por CDTI. Es importante tener en cuenta que las deducciones fiscales podrán aplicarse sobre el coste total del proyecto una vez descontada la parte subvencionada, siempre que se respeten los límites de compatibilidad. Una planificación adecuada permite maximizar el impacto de estos incentivos sin incurrir en incompatibilidades.
Dos conceptos regulatorios críticos que debes conocer
En la práctica, la mayoría de los problemas de compatibilidad se explican por una mala gestión de uno de estos dos conceptos.
El régimen de minimis
Este régimen establece un límite máximo de 300.000 euros en ayudas concedidas bajo el marco de minimis durante un periodo de tres ejercicios fiscales. No obstante, en aquellos programas que combinan distintos tramos o instrumentos, solo la parte de la ayuda que esté expresamente sujeta al régimen de minimis computa dentro de dicho límite. Muchas líneas autonómicas operan bajo este marco.
La buena noticia es que las grandes líneas nacionales y europeas (CDTI, ENISA, programas europeos) no se rigen por minimis. Aun así, es obligatorio llevar un registro actualizado de las ayudas minimis y declararlas correctamente en cada solicitud.
Las intensidades máximas
Cuando varias subvenciones financian un mismo proyecto, es imprescindible verificar que la suma no supere los límites establecidos. En la práctica, recomendamos asignar cada ayuda a una fase concreta: CDTI para desarrollo tecnológico, Torres Quevedo para talento investigador y una línea autonómica para internacionalización.
Los cinco errores que pueden costarte la ayuda
Error 1: Duplicar gastos sin darse cuenta
Imputar la misma nómina o factura a dos expedientes distintos. Es uno de los errores más habituales que detectamos.
Solución: implantar desde el inicio una contabilidad analítica con centros de coste diferenciados.
Error 2: Olvidar que las ayudas de minimis tienen memoria
Acumular pequeñas ayudas hasta superar el límite de 300.000 €.
Solución: mantener un registro actualizado de todas las ayudas minimis con su fecha de concesión.
Error 3: No declarar ayudas pendientes de resolución
Las administraciones cruzan bases de datos.
Solución: declarar proactivamente todas las ayudas solicitadas y explicar cómo se complementan.
Error 4: Mezclar periodos temporales sin una justificación clara
Proyectos con periodos solapados y conceptos similares.
Solución: planificar fases secuenciales o garantizar una separación clara de tareas.
Error 5: Perder ayudas por problemas formales
Facturas mal desglosadas, transferencias que no cuadran o partes de horas sin firmar.
Solución: mantener una carpeta digital actualizada y revisada de forma periódica.
Tu roadmap de financiación pública
Paso 1: Identifica tu fase
Paso 2: Construye un calendario de convocatorias con 9–12 meses de anticipación.
Paso 3: Asegura la cofinanciación necesaria (20 %–50 % del presupuesto, incluso más, en función de la línea).
Paso 4: Implementa la infraestructura adecuada: contabilidad analítica, responsable de gestión y procedimientos documentados.
Por qué merece la pena el esfuerzo
Según datos de ESADE y ACCIÓ, las empresas que combinan tres o más instrumentos públicos:
- Consiguen un 60 % más de inversión privada en rondas posteriores
- Sufren un 40 % menos de dilución en fases tempranas
- Alcanzan valoraciones un 35 % superiores de media
Las ayudas públicas actúan como una validación institucional muy potente. Si el CDTI aprueba tu proyecto o ENISA valida tu modelo de negocio, estás enviando una señal clara de credibilidad al mercado.
Conclusión: combinar sí, pero con estrategia
Combinar ayudas públicas es posible, rentable y, en muchos casos, clave para acelerar el crecimiento de una startup sin diluir capital. Pero hacerlo sin una hoja de ruta clara puede generar problemas a medio plazo.
Las startups que mejor aprovechan la financiación pública son aquellas que:
- Diseñan una estrategia que asigna cada ayuda a una necesidad concreta
- Conocen la normativa de compatibilidad e intensidades máximas
- Implementan sistemas de control y contabilidad analítica desde el inicio
- Anticipan plazos y preparan solicitudes de calidad
- Se apoyan en asesoramiento especializado
En Intelectium llevamos más de 20 años acompañando a startups y hemos gestionado miles de expedientes de financiación pública, combinando ayudas de todos los niveles y administraciones.
Si estás valorando solicitar varias ayudas o ya tienes alguna concedida y quieres asegurarte de que son compatibles entre sí, ofrecemos una revisión inicial de tu estructura de financiación pública para detectar riesgos y oportunidades de optimización antes de que sea demasiado tarde. Contacta con nosotros a través de nuestro formulario online o a través de dealflow@intelectium.com.
